虽然近年来国家扶持中医药发展的力度不断加大，但中医、西医发展依然不平衡，中医药发展相对于卫生事业发展依然比较滞后，一条腿长、一条腿短的局面继续存在。因此，必须毫不动摇、不折不扣地坚持中西医在思想认识、法律地位、学术发展和实践应用上的平等地位，不断创新体制和机制，完善政策措施，增加资金投入，增强发展能力，促进中西医协调发展。在此方针的指导下，中医与西医将发挥各自优势，相互取长补短。
同时，发挥中医药在深化医改中的作用。中医药具有临床疗效确切、预防保健作用独特、治疗方式灵活、费用比较低廉的特色和优势。实践已经充分证明，将中医药纳于深化医改全局，发挥中医药简便验廉的优势，不仅有效减轻了群众看病就医的负担，放大了医改的惠民效果，而且丰富和完善了中国特色基本医疗卫生制度，有利于实现深化改革的总体目标。当前，医改已进入攻坚时期，必须按照中央统一部署，抓住关键问题，充分利用好中医药这一独具特色的卫生资源，不断提高中医药的服务能力与水平，切实提高改革成效。
值得注意的是，当前我国中医药学术的传承创新发展面临新的机遇和挑战。因此，对中医药而言，加快推进学术进步、提高疗效，如何保持特色、突出优势，是当前乃至未来中医药发展的重中之重。只有好的疗效，才能有条件和能力与西医药并重;只有凸显特色优势，才能与西医药优势互补，共同担负起提高人民健康水平的历史重任。因此，始终坚持以临床实践为核心，紧紧围绕中医药学术发展的瓶颈性问题，正确认识和处理好继承与创新的关系显得尤为重要。
而在始终遵循中医药原创思维的前提下，还要充分运用现代科学的新理论、新技术和多学科交叉渗透的思路和方法，特别是注重多中心随机对照研究方法的应用，建立一批中西医学汇聚的转化医学中心，通过协同创新的体制机制，发挥中央和地方的积极性，加快中医药学理论与技术的创新;充分利用医改强基层、保基本的优势，和卫生计生部门机构改革的机遇，以省为单位甚至以大区为单位进行前瞻性的大规模队列研究，从而积累必要的科学数据;充分发挥中医药在生命观、健康观、医学模式等方面的特色优势，不断拓展在常见病、多发病、慢性病和疑难病以及预防保健等方面的优势领域，提高中医药的防病治病与养生保健能力。
另外，中医药的立法工作也应紧跟步伐，保证我国中医药的发展有法可依。目前，越来越多的国家对传统医药实行了立法管理，制定颁布了有关传统医药方面的法律法规。相比之下，我国作为传统医药大国和中医药的发源地，中医药还缺乏国家层面的法律保障。因此，加快推进中医药立法进程，争取中医药法早日出台，促进中医药依法持续健康发展尤为重要。